相傳在明朝末年，一艘王船漂流至臺南北門南鯤鯓沙汕一帶，船上供奉著五尊王爺神像與中軍府神像。據傳，這五位王爺是隨唐高祖李淵征討隋朝、開創大唐基業的功臣，包括李大亮、池夢彪、吳孝寬、朱叔裕與范承業。其中，僅李大亮一人有史料記載，可見於《舊唐書》與《新唐書》之中。

當地漁民發現王船漂至，恭迎神像登岸，並於岸邊建起草寮奉祀。由於神明靈驗、庇佑廣傳，信眾日益增多，地方仕紳遂發起建廟倡議，於明永曆十六年（西元1662年）初期興建廟宇，名為「南鯤鯓廟」，又被尊稱為「開基廟」。風水師更讚譽原址為「浮水金獅活穴」，乃罕見的吉地。

然而隨著時代更迭，沙汕原址受海水侵蝕、地貌毀損，為延續香火與信仰，信眾決議遷廟重建。最終選址於北門槺榔山，新址被譽為風水上的「虎穴」寶地，自此南鯤鯓廟根基穩固，香火綿延不絕，成為臺灣王爺信仰的重要聖地之一。